Se cree que el nombre "Boboli" es una corrupción de "Bogoli" o "Borgoli", posiblemente vinculada a una familia que anteriormente poseía los terrenos donde se trazaron los jardines. Sin embargo, los propios jardines fueron encargados para Eleonora di Toledo, esposa de Cosme I de Médicis, lo que los convierte en parte integrante del patrimonio histórico y paisajístico de Florencia.