Le nom "Boboli" serait une corruption de "Bogoli" ou "Borgoli", potentiellement lié à une famille qui possédait auparavant les terres où les jardins ont été aménagés. Cependant, les jardins eux-mêmes ont été commandés pour Eleonora di Toledo, l'épouse de Cosimo I de' Medici, ce qui fait d'eux une partie intégrante du patrimoine historique et du paysage de Florence.