Men denkt dat de naam "Boboli" een verbastering is van "Bogoli" of "Borgoli", mogelijk gekoppeld aan een familie die vroeger eigenaar was van het land waar de tuinen werden aangelegd. De tuinen zelf werden echter aangelegd in opdracht van Eleonora di Toledo, de vrouw van Cosimo I de' Medici, waardoor ze integraal deel uitmaken van het historische erfgoed en landschap van Florence.