Acredita-se que o nome "Boboli" seja uma corruptela de "Bogoli" ou "Borgoli", potencialmente ligado a uma família que anteriormente era proprietária das terras onde os jardins foram construídos. No entanto, os próprios jardins foram encomendados para Eleonora di Toledo, esposa de Cosimo I de' Medici, tornando-os parte integrante do patrimônio histórico e da paisagem de Florença.