Si ritiene che il nome "Boboli" sia una corruzione di "Bogoli" o "Borgoli", potenzialmente legato a una famiglia che in precedenza possedeva il terreno dove sono stati allestiti i giardini. Tuttavia, i giardini stessi furono commissionati per Eleonora di Toledo, la moglie di Cosimo I de' Medici, rendendoli parte integrante del patrimonio storico e paesaggistico di Firenze.